习惯性流产的原因大多为代妈黄体功能不全、甲状腺功能低下、先天性子宫畸形、子宫发育异常、宫腔粘连、子宫肌瘤、染色体异常、自身免疫、血型不合等。或是男性精液异常，染色体异常等导致，建议做好孕前检查了解流产原因，找准病因，进行针对性的治疗后再怀孕。
母体免疫异常
免疫因素是习惯性流产的重要因素，其中常见的有母体缺乏封闭抗体，母体存在抗心磷脂抗体以及母子血型不合等，要积极查找原因并及时有效治疗应对。
遗传因素，染色体异常
流产很大一部分原因是由于胎儿染色体异常造成。耿若提醒如果夫妻一方或双方存在染色体异常，就有可能通过遗传导致胎儿染色体异常从而引发流产停育或畸形。所以，孕前夫妻双方染色体检查是非常有必要。
代妈内分泌失调
精子卵子受精以后，受精卵必须得到内分泌激素支持才能正常生长发育。孕酮分泌不足，会导致子宫内膜分泌准备不足，妨碍孕卵植入。
精卵老化，胚胎发育不良
精子过久“养精蓄锐”、卵子随着代妈年龄增大都会使二者出现老化，导致胚胎发育不良。所以，适龄适时而孕，也是优生的关键。
精子异常，受精卵发育不良
精子质量存在问题，如精子畸形率高、精子活力低、精子凝集重等，程度严重时会导致不孕，但如果刚好在临界点，勉强能受孕，但受精卵质量会大打折扣，通过选择性淘汰，也会发生自然流产。
环境因素
电离辐射、高温环境、噪声污染、频繁接触生殖毒性物质等等都会间接或者直接影响到胎儿正常发育，发生流产、停育、早产、胎儿畸形等。
